Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на деревню Скрытой Листвы  Конохагакурэ?, или просто Коноха), родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи четвёртый хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух демона внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку он отныне сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.

Главные герои — Сакура Харуно, Наруто Удзумаки и Саскэ Утиха — со своими учителями Какаси Хатакэ и Ирукой УминоМанга делится на две части. В начале первой части Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саскэ Утиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сэнсэя Какаси Хатакэ. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — третьего хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Дзирайей, бывшим товарищем Оротимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.

Вторая часть манги описывает события, происходящие через два с половиной года после первой. В мире «Наруто» начинает приобретать всё больший вес криминальная организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая и девятихвостого лиса, заточённого внутри Наруто. После жестокого боя с Акацуки, в котором не последнюю роль играет Наруто, побеждающий лидера организации, жители Конохи отстраивают разрушенное селение заново. Тем временем Саскэ, закончивший обучение у Оротимару, предаёт его и отправляется к Итати, чтобы отомстить за уничтожение клана. Итати погибает в битве, а Саскэ узнаёт, что убийство клана Утиха было санкционировано высшим руководством Конохи. Обозлённый этим открытием, Саскэ присоединяется к организации Акацуки, чтобы уничтожить Коноху.